La organización de la investigación en el posgrado está dada en torno a líneas de generación y aplicación del conocimiento (LGAC) con base en las tendencias internacionales de investigación de frontera, en las líneas prioritarias estatales y nacionales, así como en las de interés y factibilidad del programa. Los profesores-investigadores del DCB colaboran en el desarrollo de las dos líneas de investigación y los proyectos de investigación que desarrollan los estudiantes se incluyen en estas líneas de investigación, lo que facilita la orientación de estos.
En esta línea se describe y analiza el origen y desarrollo de las enfermedades infecciosas, crónico-degenerativas y cáncer, desde un enfoque multidisciplinario, a través de mecanismos moleculares, bioquímicos, genéticos y epigenéticos, mediante el uso de las herramientas tecnológicas y bioinformáticas convencionales y de frontera. En esta LGAC participan los profesores: Eduardo Castañeda Saucedo, Oscar del Moral Hernández, Mónica Espinoza Rojo, Gloria Fernández Tilapa, Eugenia Flores Alfaro, Daniel Hernández Sotelo, Berenice Illades Aguiar, Marco Antonio Leyva Vázquez, Napoleón Navarro Tito y Enoc Mariano Cortés Malagón.
Línea que tiene como fin la transferencia de los productos, información y conocimiento generados por la investigación básica en aplicaciones clínicas para mejorar la salud de la población. En esta investigación se pueden producir, evaluar y documentar evidencias para su aplicación en el fortalecimiento o renovación de esquemas de prevención, y en la creación o modificación de métodos diagnósticos. Los recursos, las experiencias y las técnicas generados por la investigación se podrán aplicar a la prevención, diagnóstico y evaluar la progresión, el pronóstico o tratamiento de las enfermedades infecciosas, crónico-degenerativas y cáncer. En esta LGAC participan los profesores: Luz del Carmen Alarcón Romero, Natividad Castro Alarcón, Gloria Fernández Tilapa, Eugenia Flores Alfaro, Berenice Illades Aguiar, Marco Antonio Leyva Vázquez e Isela Parra Rojas.